
Die Umsetzungsphase des InnoRegio-Programms startete im Oktober 2000: Bis Ende 2006 wurden über 1.100 Projekte gefördert, mit denen die 23 InnoRegios ihre Innovationskonzepte umsetzten. Jeder InnoRegio stand dabei ein individuelles Budget zur Verfügung, in dessen Rahmen sie selbstverantwortlich Projekte in den Bereichen Forschung und Entwicklung, Bildung sowie Öffentlichkeitsarbeit und Netzwerkmanagement entwickelten. Ein wichtiges Ziel war dabei der Aufbau eines sich selbst tragenden Netzwerks, das die Weiterführung des Innovationskonzeptes auch nach dem Jahr 2006 - dem Ende des Förderprogramms InnoRegio - sicher stellen sollte.
Der Umsetzungsphase gingen die Qualifizierungsphase und die Entwicklungsphase voraus: In der Qualifizierungsphase sollten sich regionale Partner aus Wirtschaft, Wissenschaft, Bildung, Politik und Verwaltung für ein Innovationsnetz finden, die ihre Ideen und Kompetenzen zur Stärkung der wirtschaftlichen Attraktivität und Wettbewerbsfähigkeit ihrer Region in ein gemeinsames Konzept einbringen. Insgesamt gingen 444 Bewerbungen auf die Ausschreibung des InnoRegio-Wettbewerbes im Jahr 1999 beim BMBF ein.
Nach der ersten Jury-Sitzung im Oktober 1999 hatten die InnoRegios in der Entwicklungsphase die Aufgabe, ihre Kernkompetenzen herauszufiltern, tragfähige Innovationskonzepte zu erarbeiten und alle wichtigen Partner für ihre Umsetzung in einem regionalen Innovationsnetzwerk einzubinden. Mit der 2. Jury-Sitzung im Herbst 2000 fiel der Startschuss zur Umsetzung der strategischen Ziele der InnoRegios. Bis Ende 2006 wurden 23 InnoRegios in den Neuen Ländern vom BMBF gefördert.